zebracall算法开发
2020-4-7 17:41 更新
针对BGI-SEQ500二代测序仪,开发basecall算法。首先,利用matlab开发basecall demo,基于demo开发c++版Zebracall算法,内容是图像处理(开运算、二值化、top hat和mexican hat图像滤波、图像亚像素级配准、光强插值还原)和强度矫正(normalization,crosstalk,bleeding,run on/lag,phasing/prephasing),包括window(vs 2010)版本和linux(g++,cmake)版本,包括online(share memory,实时多线程)版本和offline版本,可以处理pattern和random模式芯片,算法的效率和精度满足生产要求;同时利用pthread和zlib开发改进多线程压缩库pigz(lib,window和linux),加快basecall压缩速度差不多18倍。目前BGI-SEQ500测序仪市场占有率很高,获得机构和医院的肯定