DirectAlignment算法
2020-4-7 17:41 更新
利用open mp和winThread开发DirectAlignment多线程比对算法,综合采用线程的同步和异步实现,实现超高速读写大文件和处理大数据比对运算。主要基于bwt算法和哈希表,利用字符编码和字符压缩建立k-mer库,采用bitmap加速全局比对速率,在局部回溯时,采用动态规划和启发式算法,使用SSE加速,利用改进的LD编辑距离(SW和NW)和LCS算法找出字符串的相似度,通过GPU加速,充分发挥CPU和GPU的异步执行效率,利用多GPU阵列加速运算,加速的同时,降低了服务器的成本,利用C/C++技巧优化加速比对细节,优化硬件架构,比对速度超越主流比对软件水平,并可以提升15%-30%的有效数据,软件已经发布